Nicht, dass das hier nicht schon in diversen Threads stehen würde, aber in so Fällen:
http://www.travar.de besuchen und mal Nico (Eloya - Der Webmaster) ansprechen... der bastelt meines Wissens nach an nem YaBB-Ableger der mehrere Foren auf einem Server laufen lassen kann (wobei beliebige Boards in beliebigen Foren angezeigt werden können... also z.B. Board 1,2,3 in Forum 1 und Boards 4,5,6 in Forum 2 und zusätzlich Board 7 in Beiden Foren)
Keine Ahnung ob er schon was veröffentlicht hat, aber fragen kostet ja nix...
Ansonsten müsste man (wenn man es selber programmieren will) es so regeln, dass man am Besten alle Queries in YaBB raussucht die auf die Kategorien-Tabelle gehen (yabbse_categories) und die so erweitert, dass man da eine Foren-ID einführt (sprich: ein Feld in der DB das für das eine Forum auf 1 gesetzt wird, für das 2. auf 2 und für Beide auf 3) ... dann kann man entsprechend Kategorien auf die Foren verteilen und ansonsten teilen sich die Beiden Foren alles...